适当的清洗方法可以使膜发生污染后仍能恢复膜通量。膜的清洗方法主要有物理方法和化学方法两种：

1)物理清洗。在微滤膜表面形成的滤饼层可以通过反冲的方法来消除。滤液是理想的反冲介质，也可以采用气体。

水或滤液力学反冲洗:水力学清洗方法主要是反冲洗(只适用于微滤膜和疏松的超滤膜)，即以一定频率交替加压、减压和改变流向，最终使膜恢复其通量。

气体反冲洗:以空气为反冲介质的微滤十字流系统来减轻微滤膜的污染。当系统运行至膜两侧的压差达到设定值时,停止过滤操作，使高压空气由滤液侧反向通过膜，从而除去膜壁上沉积的污染物，然后由料液将污染物冲走。

2）化学清洗。当膜污染比较严重，采用物理方法清洗效果不佳时，需采用化学清洗剂清洗。常用的清洗剂有酸液（如H3PO4、乳酸等）、碱液（如NaOH）、表面活性剂（离子或非离子型）、酶（蛋白酶、淀粉酶、葡萄糖酶）、消毒剂（H2Q、NaOCl）、配合剂（EDTA、聚丙烯酸酯、六偏磷酸钠）等。上述清洗剂既可以单独使用，也可以组合使用。